取水系统的设计主要针对满足水样的代表性、可靠性和连续性来设计的，水质监测系统平台，该系统的主要组成部分有：取水头、取水泵、水样输送管道和流速流量调节几个部分组成。
按照取水方式的划分主要分为直取式和浮筒式两种，直取式主要针对水位变化小的环境使用，环境水质监测系统，如污水厂、污染源、自来水涵管取水等，山东水质监测系统，而浮筒式主要针对水位变化较大的环境使用，如地表水等。
集成辅助系统辅助系统的设计主要是为了保障在线监测系统的连续稳定的运行，它需要根据现场情况的变化而作相应的调整。
总体来说有以下几个方面需要注意：管路的清洗：由于管路中残留的污垢以及因此而孳生的藻类会对水样造成污染，所以需要对管路进行定时定量的清洗，清洗的方式和内容多种多样，目标都是为了保证水样的真实性和代表性。
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